Город сдался Александру 1 февраля 330 г. до н. э. Поселение, расположенное у террасы Персеполя, было жестоко разграблено, а жители его уничтожены. Историки Александра сообщают об огромной добыче: 120 тысяч талантов серебром, 8 тысяч талантов золотом, неисчерпаемые запасы драгоценностей и предметов из золота.

Продвинувшись всего на сорок пять миль к северу и захватив богатства Кира в Пасаргадах, Александр вернулся в Персеполь, который вскоре был подожжен. Согласно одним источникам, это разрушение считается преднамеренным, другим — случайным. Флавий Арриан, основывающий свои сведения на описании этого события, оставленном историком Александра Аристобулом, категорически утверждает, что Александр велел сжечь дворец, чтобы наказать персов за их злодеяния во время захвата Греции, а именно — за сожжение храмов и убийство эллинов.

Затем Александр повернул на север, потом из восток, преследуя Дария III. Однако Александр нашел лишь останки Дария: последний был убит своей собственной свитой. Тело Дария отправили обратно в Персеполь. Он был похоронен в царском склепе. Александр же двинулся в сторону восходящего солнца, в свое фантастическое путешествие, приведшее его в загадочную Индию. Александр стремился достичь «конца света». Но его воины не захотели продолжать этот полный риска и опасностей поход. После долгих месяцев лишений он вновь вернулся в Сузы, чтобы дать отдых своему измученному войску.

По возвращении Александр посетил гробницу Кира и обнаружил, что со времени его первого посещения она была вскрыта и разграблена. Арриан подробно описывает это событие, утверждая, что по приказу Александра гробница была восстановлена, а дверь ее покрыта глиной, на которой царь поставил свою печать как гарантию того, что все должно оставаться неприкосновенным.